Продухи надо делать на стадии заливки фундамента. Я не знаю какого у Вас типа фундамент, но допустим ленточный, удобно для продухов использовать канализационную трубу сотку.
Закладывается труба естественно до того как заливается фундамент.
После сделать продухи будет и сложней и заметно дороже, придётся вызывать специалистов с оборудованием для бурения бетона.
Конфигурация продухов не имеет значения, это могут быть и квадратные отверстия и круглые и прямоугольные.
Вот количество продухов и их расположение играет важную роль.
Количество рассчитывается исходя из формулы пол квадрата продухов на 200-и квадратов вентилируемой площади, вот от этих цифр и отталкивайтесь, замерьте площадь подполья и высчитайте общую квадратуру продухов.
Продухи работают по принципу обычного сквозняка, поэтому лучше всего (и правильней) располагать их друг на против друга в одной оси, то есть параллельно друг другу, если так понятней.
Расстояние между продухами (отверстиями) 2,5-й 3-и метра (в одной линии).
От углов обычно отступают 80-90-о см.
Если решите сделать продухи из канализационной 110-й трубы, то трубу надо обмотать рубероидом, а оставшиеся щели за герметизировать тем же силиконом.
В конце работы, продухи закрываются решётками, тут уже смотрите сами, можно сделать съёмные решётки, можно купить готовые вентиляционные.
Цель решёток защитить подпол от проникновения грызунов, можно купить даже с сеткой от насекомых.